1991年18岁的三合会会员刘建明（刘德华饰）听从大哥韩琛（曾志伟饰）的指示进入警校学习，想得到机会来做警方的卧底，但没想到在最后被选中的是另一个学生名叫陈永仁（梁朝伟饰），表面上是将其强迫退学，实际上则是让他进入三合会当卧底。刘建明从警校毕业后顺利的进入警局，并且职位步步高升，已成为刑事情报科A队的一员，在此期间他利用各种机会为韩琛提供了大量的情报。而陈永仁在这些年以来已经得到了韩琛的初步信任，但由于韩琛的案件始终没有破，他永远只能呆在黑帮，只有黄警督（黄秋生饰）与他单线联系。2002年的一个晚上，根据陈永仁卧底情报，获知一批毒品即将交易，而交易的一方为韩琛，但由于当时刘建明及时将消息传给了韩琛使其成功逃脱，不过因此双方发现各自的内部具有“内鬼”，于是一场激烈的角斗由此展开。在最后的结局中，双方“内鬼”都认出了自己的身份，不过刘建明抢先一步，早已将陈永仁的彻底档案删除，使其永远也无法恢复身份，而最后陈永仁也死在了刘建明的枪下。