“变种人，自从他们的诞生之日起，便背负起了世人的怀疑、憎恶与恐惧。现在整个星球都在争论着：变种人是人类进化的下一环吗？抑或只不过是来与自己分享这个世界的全新人种？！？无论答案是前者或是后者，与其它物种分享世界，从来都不曾是人类的本性……”——身为变种人领袖的X教授，以一番充满感召力的独白，为《X战警2》气势宏大的故事背景揭开帷幕。《X战警2》的剧情延续了前作的大环境：包括富有正义感的X战警在内的变种人，在普通人的眼中，他们却代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁。潜藏在整个社会中的敌视心态，迫使着X教授和他的X学院，仍旧不得不在一个不信任他们的社会中挣扎求存。故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖(AkaliLake)工业中心；另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像；万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X战警们没有察觉到，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。......